A edificação, cujo terreno fora anteriormente área do Forte Augusto (1734), foi erguida em 1908 para instalação da Escola de Aprendizes Marinheiros, inaugurada em 1909. Em 1931, a antiga escola cedeu lugar à Escola de Pesca, que só começou a tomar forma de museu em 1942, quando foi incorporada à coleção o esqueleto de uma baleia da espécie Fin medindo 23 metros de comprimento, encalhada em Peruíbe naquele ano.
Foto de..:: Renato Marchesini
Tombado pelo CONDEPHAAT em 07 de abril de 1998, o Museu ficou fechado durante onze anos, sendo reaberto ao público, com grande solenidade, em 1998. No mesmo local encontra-se o Instituto de Pesca, a primeira instituição de pesquisa da Baixada Santista. O Museu de Pesca possui um acervo especializado em fauna marinha, além de Ala Lúdica destinada principalmente às crianças.
O Museu de Pesca é o local do antigo Forte Augusto, que faz parte do Circuito dos Fortes.
